Ngày 12 tháng 12 năm 2001 Năm Cam bị bắt. Do là cán bộ cao cấp của Công an, là người từng chịu trách nhiệm cao nhất về an ninh trật tự địa bàn thành phố Hồ Chí Minh lại có liên quan đến "Vụ án Năm Cam và đồng bọn". Vụ án Năm Cam và đồng bọn là vụ án hình sự lớn nhất cho tới lúc đó, rất phức tạp với 155 bị cáo trong đó có 3 cán bộ cao cấp bị khởi tố. Phiên tòa tiến hành xét xử từ ngày 25 tháng 2 năm 2003 đến ngày 05 tháng 6 năm 2003 với 6 án tử hình, 5 án chung thân, 2 án trên 20 năm tù giam, 4 án 20 năm tù giam, 28 án treo, 2 bị cáo bị cảnh cáo, 4 bị cáo trả hồ sơ về cho CQĐT, một bị cáo được miễn hình phạt. Số còn lại có mức án từ 1 đến 19 năm tù[12][13]. Băng đảng Năm Cam được coi là "đỉnh cao" của tội phạm và đây là phiên toà lớn đầu tiên thực hiện nguyên tắc tranh tụng, toà án tạo điều kiện tốt để Luật sư tham gia tố tụng [14]. Phiên tòa có đến gần 80 luật sư tham gia bào chữa cho các bị cáo và bảo vệ quyền lợi cho cá nhân, tổ chức có liên quan [15] Phiên tòa này rất được dư luận quan tâm. Phóng viên nước ngoài cũng xin được tham dự, đối với họ, việc xét xử các cán bộ cao cấp mà lại câu kết với tội phạm như Bùi Quốc Huy là một trong những minh chứng cho sự quyết tâm[16] của Chính phủ Việt Nam trong việc chống tham nhũng, trừng trị tội phạm, làm trong sạch hàng ngũ cán bộ, tạo môi trường lành mạnh cho đầu tư và phát triển. Ông Bùi Hoàng Danh là Chủ tọa phiên tòa sơ thẩm, khẳng định vụ án Trương Văn Cam và đồng bọn là vụ án hình sự mang tính chất trị an, không phải là vụ án tham nhũng [17]. Bùi Quốc Huy cùng với Phạm Sỹ Chiến là hai bị can được dư luận quan tâm nhất [18]

Vụ Nam Cam và đồng bọn có liên quan đến ngay chính Bùi Quốc Huy và các cán bộ cao cấp đương chức thuộc diện Trung ương quản lý như Trần Mai Hạnh Ủy viên Trung ương Đảng Tổng thư ký Hội Nhà báo Việt Nam, kiêm Tổng biên tập báo Nhà báo và Công luận, Phạm Sĩ Chiến Viện phó Viện kiểm sát nhân dân tối cao nên Bùi Quốc Huy từ vai trò đang là Ủy viên Trung ương đảng, Thứ trưởng Công an, Ủy viên Trung ương đảng chịu trách nhiệm điều tra, xử lý tội phạm dần dần bị loại ra khỏi cuộc điều tra và tiến tới bị kỷ luật mất chức và ra tòa chịu án phạt tù giam. Thái độ của Huy cũng từ từ biến chuyển theo thời gian và đã chịu cúi đầu nhận tội. "Chuyên án Z501 - vụ án Năm Cam và đồng bọn"[19] được khởi động từ giữa năm 2001 lúc Bùi Quốc Huy còn đương chức Thứ trưởng bộ Công an[20].

Ngày 1 tháng 3 năm 2002, Bùi Quốc Huy còn thay mặt Đảng uỷ Công an trung ương và lãnh đạo Bộ Công an ký quyết định về việc đình chỉ công tác đối với thượng tá Dương Minh Ngọc - Trưởng phòng Cảnh sát hình sự, và thượng tá Nguyễn Mạnh Trung - Phó trưởng phòng Cảnh sát điều tra Công an TP.Hồ Chí Minh nhằm làm rõ trách nhiệm của một số cá nhân có liên quan đến nhiều vụ trọng án liên quan đến băng tội phạm Năm Cam [21].

Tướng Nguyễn Việt Thành, Phó tổng cục trưởng Tổng cục Cảnh sát, phụ trách cụm III (phía Nam) được giao nhiệm vụ trưởng ban chuyên án Năm Cam.

Song đến tháng 6 năm 2002, Báo chí chính thức Việt Nam đưa công khai tin Bùi Quốc Huy (lúc đó đương là Thứ trưởng Bộ Công an) bị Nguyễn Minh Triết, Ủy viên Bộ Chính trị, Bí thư Thành ủy Thành phố Hồ Chí Minh cùng với Vũ Quốc Hùng, Phó chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra trung ương Đảng và Trần Đại Hưng Phó trưởng Ban Nội chính trung ương, kiểm điểm trách nhiệm về 5 vấn đề. Cuộc kiểm điểm này kéo dài hai ngày 17/6/ 2002-18/6/2002[9]. Trong đó có vấn đề thu nhập, tài sản, xe cộ, nhà đất lên đến hơn 3 hecta của cá nhân và gia đình.

Ngày 15 tháng 7 năm 2002, ông này bị công bố kỷ luật Đảng. Hội nghị Ban Chấp hành Trung ương Đảng lần thứ 6 Khóa IX đã xem xét, kiểm điểm những sai lầm nghiêm trọng của Trần Mai Hạnh và Bùi Quốc Huy, và quyết định cách chức ủy viên trung ương đảng cả hai [22].

Ngày 29 tháng 7 năm 2002, Bộ Chính trị đã có văn bản số 19 và 20, thông báo chính thức đồng thời đề nghị các cơ quan nhà nước có thẩm quyền kỷ luật về mặt Nhà nước với Trần Mai Hạnh và Bùi Quốc Huy.

Ngày 8 tháng 8 năm 2002, Thủ tướng Phan Văn Khải ký quyết định kỷ luật số 664, cách chức Thứ trưởng Bộ Công an của Bùi Quốc Huy và giáng cấp từ Trung tướng xuống Thiếu tướng[23].

Ngày 10 tháng 10 năm 2002, từ 6g30’ đến 11h30’, Bùi Quốc Huy bị khởi tố về tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng theo Điều 285 Bộ luật Hình sự và bị khám xét nhà riêng ở Thành phố Hồ Chí Minh, cùng lúc với Trần Mai Hạnh Tổng thư ký Hội Nhà báo Việt Nam, kiêm Tổng biên tập báo Nhà báo và Công luận và Phạm Sĩ Chiến Viện phó Viện kiểm sát nhân dân tối cao (lúc đó đang ở Hà Nội) và cả ba đều bị cấm dời khỏi nơi cư trú[24].

Tháng 11 năm 2002, Bùi Quốc Huy cùng với Trần Mai Hạnh và Phạm Sĩ Chiến bị triệu tập vào Thành phố Hồ Chí Minh ngay từ giai đoạn đầu của phiên tòa, bị can nào có dấu hiệu bỏ trốn sẽ bị bắt tạm giam[25].

Ngày 13 tháng 12 năm 2002, Bùi Quốc Huy nhận quyết định cấm đi khỏi nơi cư trú của Tòa và viết giấy cam đoan có mặt khi bị triệu tập[26].

Ngày 13 tháng 02 năm 2003, Thủ tướng Chính phủ đã ký quyết định kỷ luật tước danh hiệu Công an nhân dân [27]. Cùng với quyết định đó ông Huy mất quân hàm Thiếu tướng.

Bùi Quốc Huy được tại ngoại kể cả sau khi bị tòa Sơ thẩm tuyên án.

Ngày 27 tháng 2 năm 2003, ông được người nhà dùng xe máy đưa đến tòa Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh [28] Luật sư bào chữa cho Huy là Ngô Ngọc Thủy.

Khi ra tòa, Bùi Quốc Huy còn tự thanh minh mình có hành vi thiếu trách nhiệm vì thiếu trình độ [29], ông nói rằng [30]:

Ngày 24 tháng 5 năm 2003, tức ngày thứ 54 xét xử vụ án "Trương Văn Cam và đồng bọn", bị cáo Bùi Quốc Huy nói lời cuối cùng cảm ơn Hội đồng xét xử và Viện Kiểm Sát đã quan tâm đến lời bào chữa của luật sư đối với bị cáo và những nội dung trình bày của bị cáo, đồng thời ông mong được xét xử công minh.[31] Ông mong tòa tuyên trắng án vì cho rằng mình vô tội [32].

Vào 14 giờ ngày 5 tháng 6 năm 2003, Tòa sơ thẩm Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh tuyên xử vụ án Năm Cam và đồng bọn. Năm Huy bị phạt 4 năm tù giam về tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.[33] Bị cáo Huy còn bị cấm đảm nhiệm chức vụ tại cơ quan nhà nước trong thời hạn 3 năm sau khi mãn hạn tù [34]

Ngày 05 tháng 9 năm 2003, Bùi Quốc Huy bị tòa phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao tại Thành phố Hồ Chí Minh bắt tạm giam cùng với Phạm Sĩ Chiến và Trần Mai Hạnh để bảo đảm cho việc xét xử tại phiên tòa phúc thẩm dự kiến diễn ra ngày 15 tháng 9 năm 2003[35] Về việc cho tại ngoại kéo dài của ông Huy cũng đã có dư luận thắc mắc[36].

Ngày 15 tháng 9 năm 2003, Tòa án nhân dân tối cao tại Thành phố Hồ Chí Minh khai mạc phiên Phúc thẩm (do có kháng cáo của 69 bị cáo, 6 người có quyền lợi nghĩa vụ liên quan, 2 đại diện bị hại), khác với phiên sơ thẩm lần này Bùi Quốc Huy ra tòa trong bộ quần áo sọc do bị tạm giam trước đó, nhưng 3 nhân chứng để xác định rõ hành vi vi phạm của các bị cáo Bùi Quốc Huy là 2 nguyên phó giám đốc Công an Thành phố Hồ Chí Minh là Thân Thành Huyện và Võ Văn Măng, cùng nguyên chánh văn phòng Trần Thanh Tùng đều vắng mặt với lý do sức khỏe[13].

Ngày 6 tháng 10 năm 2003, tại Tòa phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao tại Thành phố Hồ Chí Minh, Bùi Quốc Huy đã thay đổi thái độ chịu nhận tội và xin giảm nhẹ hình phạt[37].

Ngày 30 tháng 10 năm 2003, Hội đồng xét xử vụ án "Trương Văn Cam và đồng bọn" của Tòa phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao tại Thành phố Hồ Chí Minh tuyên án Bùi Quốc Huy 4 năm tù giam về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng"[38].

Ân xá

Chưa đầy hai năm sau, ngày 31 tháng 1 năm 2005, Bùi Quốc Huy ra tù trong đợt đặc xá cho hơn tám ngàn phạm nhân nhân kỷ niệm 75 năm thành lập Đảng Cộng sản Việt Nam (3-2) và ngày Tết cổ truyền [39][40].